【核酸染料】电泳后，核酸只有经过染色才能使吊带型显色，常用以下核酸染色剂。

1.溴化乙锭(EB)最常用的核酸荧光染料嵌入核酸双链体对碱基之间，【核酸染料】可以在紫外线激发下发出橙色荧光。

EB-DNA复合体中EB发出的荧光比游离凝胶中EB发出的荧光强度大10倍，【核酸染料】因此无需清洗背景就可以清楚地观察核酸带型。如果EB背景过深，则可以将凝胶浸渍在1mmol/LMgSO4中的1h或10mmol/L MgCl2中的5min中，【核酸染料】使非结合的EB褪色，检测出10ng的DNA样品，EB也可以用于检测单链DNA或RNA，

向凝胶或电泳缓冲液中加入最终浓度0.5g/ml的EB，染色可以在电泳中进行，可以随时观察核酸的移动情况。但是，EB具有正电荷，嵌入碱时核酸分子的刚性提高，迁移率降低，因此不适合核酸分子量大小的测量。这种情况下，【核酸染料】电泳后将凝胶浸渍在0.5g/ml的EB水溶液中10分钟进行染色。EB观光容易分解，请在4下遮光保存。

2.吖啶橙(AO):

吖啶橙嵌入双链核酸碱基对之间，在254nm的紫外线激发下可以发出530nm的绿色荧光。

通过静电与单链核酸的磷酸基结合，在254nm的紫外线激发下产生640nm的红色荧光。

由此可以区分单链和双链核酸，灵敏度分别为0.1g和0.05g。但是，吖啶橙的染色操作很严格【核酸染料】，在22、0.01mol/L磷酸钠缓冲液(pH7.0)中遮光浸渍30分钟后，在搪瓷盘中在该缓冲剂4下脱色一晚或在22下脱色1~2小时。

3.银(Ag)试剂：

Ag与核酸形成稳定的复合体，用甲醛把Ag还原成银粒子。

AgNO3等试剂可以把聚丙烯酰胺凝胶上的单链、双链DNA及RNA染成黑褐色【核酸染料】。银染法的灵敏度比EB染色高200倍左右，比亚甲基蓝染色高100~1000倍，在厚度不足0.5mm的凝胶中检测出0.5ng的RNA，特异性不强，与蛋白质和去污剂的反应也变成褐色，DNA的染色定量不银与DNA稳定结合，对DNA有破坏作用，不适合制备DNA片段。

4.亚甲基蓝(methylene blue)可以将RNA染成蓝色，但灵敏度不高，【核酸染料】而且操作时间长。染色工艺：

胶水浸泡在0.02%的亚甲基蓝中，在10mmol/L Tris-Ac(pH8.3)、4下放置12h，净水58h(反复换水)，用带型肉眼可见，最低检测量为250ng。